電磁流量計運行期故障一般在運行一段時期后出現，是電磁流量計經初期調試并正常運行一段時期后在運行期間出現的故障，常見故障的主要原因有流體中雜質附著電極襯里，流量傳感器內壁附著層，雷電擊，環境條件變化出現新干擾源等。，內壁附著層。由于電磁流量計測量含有懸浮固相或污臟體的機會遠比其他流量儀表多，出現內壁附著層產生的故障概率也就相對較高。若附著層電導率與液體電導率相近，儀表還能正常輸出信號，只是改變流通面積，形成測量誤差的隱性故障；若是高電導率附著層，電極間電動勢將被短路；若是絕緣性附著層，電極表面被絕緣而斷開測量電路。后兩種現象均會使儀表無法工
作。第二，雷電擊。雷電擊在線路中感應瞬時高電壓和浪涌電流，進入儀表就會損壞儀表。雷電擊損儀表有三條引入途徑：電源線，傳感器勺轉換器間的流量信號線和激磁線。然而從雷電故障中損壞零部件的分析，引起故障的感應高電壓和浪涌電流大部分足從控制室電源線路引入的，其他兩條途徑較少。還從發生雷擊事故現場了解到，不僅電磁流量計出現故障，控制室中其他儀表電常常同時出現雷擊事故。因此使用單位要認識設置控制室儀表電源線防雷設施的重要性。第三，環境條件變化出現干擾源。主要原因與調試期故障環境方面基本相同，只是干擾源不在調試期出現而在運行期間再介入的。例如一臺接地保護并不理想的電磁流量計，調試期因無干擾源，儀表運行正常，然而在運行期出現新干擾源，測量點附近管道或較遠處實施管道電焊，干擾儀表正常運行，出現輸出信號大幅度波動。